Durante las últimas décadas del s. XV en Granada, caracterizadas por las guerras civiles de los nazaríes, las crisis económicas y la presión de las fuerzas castellanas, el Valle de Lecrín se va a revelar de nuevo como un importante punto estratégico y sufrirá de manera directa las consecuencias de la guerra.

Boabdil, con el apoyo de su madre y algunos partidarios, se apoderó en 1483 de Granada e impidió la entrada en la ciudad a su padre Muley Hacén, que se refugió en la fortaleza de Mondújar y emprendió desde allí escaramuzas bélicas contra su hijo hasta recuperar la capital.

Dos años más tarde, los granadinos depusieron a Muley Hacén, viejo, enfermo y ciego, y nombraron rey al Zagal, enviando al padre de Boabdil, en 1485, con su esposa Zoraya y sus dos hijos a Mondújar, donde falleció en ese mismo año.

Según Mármol Carvajal, el diez de diciembre de 1489, rendida Guadix, el Zagal entregó a los Reyes Católicos "todos sus territorios desde Almería hasta Almuñécar y desde Almuñécar hasta la aldea del Padul...", a cambio de lo cual los Reyes Católicos le asignaron "diversas tahas y el Valle de Lecrín", que más tarde perdería.

Boabdil, por su parte, no cumplió su promesa de entregar Granada a los Reyes Católicos tras la caída de Baza, Guadix y Almería, y en abril de 1490 sublevó a sus súbditos, que lograron diversas conquistas y favorecieron el levantamiento de las Alpujarras, la sierra y el Valle de Lecrín.

Boabdil recuperó algunas fortalezas que estaban en poder de los cristianos, excepto la de Mondújar, que, según Mármol Carvajal, fue defendida por Doña María de Acuña, esposa del Alcaide. El último rey musulmán de al-Andalus se apoderó, eso sí, de Padul y Lanjarón, y logró dominar todo el Valle de Lecrín. Poco después, sin embargo, el Marqués de Villena tomó definitivamente Padul en 1491.

Fernando el Católico, por su parte, durante el cerco a Granada, decidió destruir las fuentes de abastecimiento del soberano nazarí y arrasó los campos cercanos a la capital, Valle de Lecrín incluido; en abril de 1491 las tropas de Fernando el Católico recorrieron nuestra comarca apoderándose de numerosos cautivos y ganado.

El grueso de su ejército avanzó, además, hasta Padul, obligando a los musulmanes a retirarse a Béznar, Tablate y Lanjarón. Este ejército cristiano fue detenido en el Puente de Tablate, que volverá a tener notable protagonismo en las operaciones destinadas a sofocar las sublevaciones moriscas del s. XVI, y retornó a Padul dejando el Valle de Lecrín arruinado y sembrado de cadáveres (cf. Francisco Villegas, El Valle de Lecrín, pp. 134-136).

No es de estrañar que estas devastadoras empresas militares de los Reyes Católicos en el Valle de Lecrín, unidas a los agravios, incumplimiento de Capitulaciones, persecuciones, saqueos, etc. que sufrieron los moriscos, hicieran del Valle de Lecrín un lugar especialmente levantisco y rebelde durante las largas y sangrientas guerras civiles de Granada que terminaron con la expulsión de los moriscos.