Se levantó en 1561-66. Sus maestros el cantero Martín de Urquide y los carpinteros Melchor y Francisco Fernández. La presencia de un cantero como maestro alarife demuestra su solidez, al realizarse los muros de mampostería
De una sola nave cubierta con armadura de limas. Apenas fue terminada la iglesia se saqueó y se quemaron sus maderas. Se le hizo un colgadizo en el testero en el altar mayor para resguardarlo. A finales del XVI se hizo la armadura parecida a la de Lanjarón o Melegís
Nuevas intervenciones como la del S. XVIII o principios del XIX donde se le añade un crucero y capilla mayor quedando en forma de cruz latina y un tabernáculo de dos cuerpos en madera pintada y dorada, con columnas en los cuatro frentes que soportan cupulitas, siendo uno de los más monumentales de nuestra diócesis
En los laterales del crucero se labraron retablos neoclásicos.
Posteriormente se le puso una larga bóveda de cañón con lunetos que ocultó la primitiva armadura de madera. quedando algo baja para la longitud de la nave. Dicha armadura estaba ruinosa en 1882, por lo que años después debió repararse.
Según Madoz fue patrocinado por el cardenal de Toledo Don José Bonel y Orbe, natural de Pinos, fue edificado después de la guerra de la independencia
Fue construido entre 1815-30 y sustituyó a otro mucho más pequeño que según Pedro de Castro en 1591 dice que era una antigua mezquita muy pequeña.
En 1824-25 Juan Puchol dice que la obra de la Iglesia de San Sebastián de Pinos había sido graduado su coste en 501.400 reales y que faltaban por liberar 3.400. El arquitecto de la obra sería el arquitecto diocesano el citado Puchol, aunque esto no está claro
Es uno de los trazados neoclásico mejores de la provincia. Es un neoclásico en su etapa avanzada con una disposición en planta y alzado muy regular. Planta de cruz latina inscrita en un rectángulo.
Nave central flanqueada por capillas adosadas comunicadas entre sí y formando sendas naves laterales
El lateral de la nave central se adorna con apilastrados que enmarcan los arcos de acceso a las naves laterales, pilastras que que rematan en en un fuerte entablamiento que recorre todo el interior de la iglesia y que a su vez descarga una bóveda de medio cañón con lunetos y sencilla decoración de nervios ondulados.
La cabecera presenta un crucero cubierto con elegante cúpula sobre pechinas con entablamiento dorado, nerviaciones y cupilín como remate
La capilla mayor tiene forma absidal cubierta con bóveda de cañón y otra de horno también moldurada
Su exterior se resuelve con la misma rotundidad y limpieza de volúmenes que los espacios interiores, quedando la cúpula sin trasdosar y destacando su fachada inacabada en la que se dispone el hastial con los dos cuerpos bajos de las torres en saledizo respecto de un cuerpo central más rehundido en el que se abre una sencilla portada adintelada
La fachada remata en un amplio frontón con óculo en el tímpano, sobre el que se dispone, solamente a la izquierda, un remate de campanario del tipo tradicional de los diseñados por Ventura Rodríguez, de planta cuadrada con cuatro arcos en sus frentes y esquinas achaflanadas, cubierta por un cupulín.
Los muros son de buena fábrica de ladrillo
